| 17. Jornada | 13.10.2012 | TSV 1860 München II | - | Ingolstadt II | 2:2 | ||||
| 18. Jornada | 20.10.2012 | Ingolstadt II | - | SC Eltersdorf | 3:0 | ||||
| 19. Jornada | 26.10.2012 | FC Memmingen | - | Ingolstadt II | 2:4 | ||||
| 20. Jornada | 03.11.2012 | Ingolstadt II | - | FV Illertissen | 1:3 | ||||
| 21. Jornada | 10.11.2012 | TSV 1860 Rosenheim | - | Ingolstadt II | 2:0 | ||||
| 22. Jornada | 16.11.2012 | Ingolstadt II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 24.11.2012 | TSV Buchbach | - | Ingolstadt II | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 01.12.2012 | Ingolstadt II | - | VfL Frohnlach | 3:1 | ||||
| 27. Jornada | 09.03.2013 | FC Ismaning | - | Ingolstadt II | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 16.03.2013 | Ingolstadt II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 28.03.2013 | Ingolstadt II | - | TSV 1896 Rain | 1:1 | ||||
| 32. Jornada | 13.04.2013 | Ingolstadt II | - | Würzburger Kickers | 2:2 | ||||
| 33. Jornada | 20.04.2013 | Augsburgo II | - | Ingolstadt II | 1:0 |
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