| 2. Jornada | 27.08.2016 | SD Gernika | - | CDA Navalcarnero | 4:1 | ||||
| 3. Jornada | 04.09.2016 | CD Mensajero | - | SD Gernika | 3:2 | ||||
| 6. Jornada | 25.09.2016 | SD Gernika | - | Real Unión | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 01.10.2016 | SD Amorebieta | - | SD Gernika | 3:1 | ||||
| 12. Jornada | 02.11.2016 | CD Toledo | - | SD Gernika | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 27.11.2016 | Barakaldo CF | - | SD Gernika | 0:1 |  |
|||
| 17. Jornada | 03.12.2016 | SD Gernika | - | Sestao River | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 17.12.2016 | SD Gernika | - | UD Logroñés | 1:0 | |
|||
| 22. Jornada | 22.01.2017 | SD Gernika | - | CD Mensajero | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 26.02.2017 | Albacete | - | SD Gernika | 3:2 | ||||
| 28. Jornada | 04.03.2017 | SD Leioa | - | SD Gernika | 1:1 | ||||
| 35. Jornada | 23.04.2017 | SD Gernika | - | Barakaldo CF | 2:0 | ||||
| 36. Jornada | 30.04.2017 | Sestao River | - | SD Gernika | 2:1 | ||||
| 37. Jornada | 07.05.2017 | SD Gernika | - | Arenas de Getxo | 2:0 | |
|||
| 38. Jornada | 14.05.2017 | UD Logroñés | - | SD Gernika | 5:1 |
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