| 11. Jornada | 25.09.2012 | Alemannia Aachen | - | Preußen Münster | 1:2 |  |
|||
| 13. Jornada | 06.10.2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 27.10.2012 | Karlsruher SC | - | Preußen Münster | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 10.11.2012 | Stuttgarter Kickers | - | Preußen Münster | 0:2 |  |
|||
| 18. Jornada | 17.11.2012 | Preußen Münster | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 24.11.2012 | SV Babelsberg 03 | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 22. Jornada | 15.12.2012 | Preußen Münster | - | Darmstadt | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 16.02.2013 | Preußen Münster | - | Hallescher FC | 2:0 | ||||
| 28. Jornada | 02.03.2013 | Preußen Münster | - | VfL Osnabrück | 3:1 | ||||
| 30. Jornada | 16.03.2013 | Preußen Münster | - | Alemannia Aachen | 4:1 | ||||
| 32. Jornada | 06.04.2013 | Preußen Münster | - | 1. FC Saarbrücken | 3:3 | ||||
| 33. Jornada | 13.04.2013 | Kickers Offenbach | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 16.04.2013 | Stuttgart II | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 34. Jornada | 20.04.2013 | Preußen Münster | - | Karlsruher SC | 2:1 | ||||
| 37. Jornada | 11.05.2013 | SpVgg Unterhaching | - | Preußen Münster | 3:0 | ||||
| 38. Jornada | 18.05.2013 | Preußen Münster | - | SV Babelsberg 03 | 4:1 | |
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