| 14. Jornada | 15.11.2008 | Viktoria Plzeň | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 |  |
|||
| 16. Jornada | 29.11.2008 | Tescoma Zlín | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 18. Jornada | 02.03.2009 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Brno | 2:4 | ||||
| 19. Jornada | 08.03.2009 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 15.03.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Dynamo České Budějovice | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 22.03.2009 | SK Kladno | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 05.04.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Žižkov | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 11.04.2009 | 1. FK Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 19.04.2009 | FK Mladá Boleslav | - | FK Teplice | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2009 | Slavia Praga | - | FK Mladá Boleslav | 3:3 | ||||
| 26. Jornada | 03.05.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 1:4 | |
|||
| 27. Jornada | 11.05.2009 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 17.05.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 23.05.2009 | Bohemians Praha | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 |
República Checa