| 2. Jornada | 27.09.2020 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:2 |  |
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| 8. Jornada | 21.11.2020 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 14. Jornada | 03.01.2021 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 2:1 | |
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| 12. Jornada | 06.01.2021 | Würzburger Kickers | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
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| 18. Jornada | 28.01.2021 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 2:3 | ||||
| 19. Jornada | 31.01.2021 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 3:4 | ||||
| 20. Jornada | 05.02.2021 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 14.02.2021 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 22. Jornada | 20.02.2021 | FC St. Pauli | - | Darmstadt | 3:2 | ||||
| 24. Jornada | 06.03.2021 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 15.03.2021 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | |
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| 26. Jornada | 21.03.2021 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 27. Jornada | 05.04.2021 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 | ||||
| 28. Jornada | 10.04.2021 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2021 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 25.04.2021 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:1 |
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