| 1. Jornada | 10.03.2007 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 2:0 |  |
|||
| 2. Jornada | 17.03.2007 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 4. Jornada | 08.04.2007 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 2:2 | ||||
| 6. Jornada | 21.04.2007 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 3:3 | ||||
| 8. Jornada | 05.05.2007 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 20.05.2007 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 09.06.2007 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 01.07.2007 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 15.07.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Moskva | 1:2 |  |
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| 17. Jornada | 21.07.2007 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 18. Jornada | 29.07.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 12.08.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 19.08.2007 | Zenit | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 30.09.2007 | FK Tom Tomsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:0 | ||||
| 27. Jornada | 20.10.2007 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moscú | 0:1 | |
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| 28. Jornada | 28.10.2007 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 |
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