| 5. Jornada | 08.09.1996 | VfB Lübeck | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 15.09.1996 | FC Carl Zeiss Jena | - | FSV Zwickau | 2:1 | ||||
| 8. Jornada | 30.09.1996 | FC Carl Zeiss Jena | - | Eintracht Frankfurt | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 07.10.1996 | SV Meppen | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 12.10.1996 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 20.10.1996 | Stuttgarter Kickers | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 25.10.1996 | FC Carl Zeiss Jena | - | Fortuna Köln | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 01.11.1996 | FC Carl Zeiss Jena | - | KFC Uerdingen 05 | 2:2 | ||||
| 24. Jornada | 04.04.1997 | FC Carl Zeiss Jena | - | Waldhof Mannheim | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 11.04.1997 | Eintracht Frankfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 20.04.1997 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Meppen | 2:1 | ||||
| 27. Jornada | 27.04.1997 | SpVgg Unterhaching | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 04.05.1997 | FC Carl Zeiss Jena | - | Stuttgarter Kickers | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 09.05.1997 | Fortuna Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 |
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