| 4. Jornada | 08.04.2007 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 2:2 | ||||
| 9. Jornada | 12.05.2007 | FK Tom Tomsk | - | Dinamo Moskva | 1:0 | ||||
| 10. Jornada | 20.05.2007 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 1:2 | ||||
| 11. Jornada | 26.05.2007 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 09.06.2007 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 2:0 | ||||
| 13. Jornada | 16.06.2007 | CSKA Moscú | - | FK Tom Tomsk | 0:0 |  |
|||
| 14. Jornada | 24.06.2007 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 4:2 | ||||
| 15. Jornada | 01.07.2007 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 21.07.2007 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 18. Jornada | 29.07.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 05.08.2007 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 3:2 | ||||
| 20. Jornada | 12.08.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 19.08.2007 | Zenit | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | |
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| 22. Jornada | 25.08.2007 | FK Tom Tomsk | - | Luch-Energiya Vladivostok | 3:1 | |
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| 23. Jornada | 31.08.2007 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 3:1 | |
|||
| 25. Jornada | 30.09.2007 | FK Tom Tomsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:0 |  |
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| 29. Jornada | 03.11.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 |
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