| Grupo 3 | 06.02.2003 | América de Cali | - | Santos FC | 1:5 |  |
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| Grupo 3 | 20.02.2003 | Santos FC | - | 12 de Octubre de Itauguá | 3:1 |  |
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| Grupo 3 | 13.03.2003 | El Nacional | - | Santos FC | 0:0 | ||||
| Grupo 3 | 20.03.2003 | Santos FC | - | América de Cali | 3:0 | ||||
| Grupo 3 | 26.03.2003 | 12 de Octubre de Itauguá | - | Santos FC | 1:4 | |
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| Octavos de final | 24.04.2003 | Nacional | - | Santos FC | 4:4 | |
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| Octavos de final | 08.05.2003 | Santos FC | - | Nacional | 2:2 | |
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| Cuartos de final | 22.05.2003 | Cruz Azul | - | Santos FC | 2:2 | ||||
| Cuartos de final | 29.05.2003 | Santos FC | - | Cruz Azul | 1:0 | ||||
| Semifinales | 05.06.2003 | Santos FC | - | Independiente Medellín | 1:0 | ||||
| Semifinales | 19.06.2003 | Independiente Medellín | - | Santos FC | 2:3 | |
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| Final | 26.06.2003 | Boca Juniors | - | Santos FC | 2:0 | ||||
| Final | 03.07.2003 | Santos FC | - | Boca Juniors | 1:3 | |
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