| 3. Jornada | 16.08.2008 | Bayern Múnich II | - | Dynamo Dresden | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 23.08.2008 | Eintracht Braunschweig | - | Bayern Múnich II | 0:1 | ||||
| 5. Jornada | 29.08.2008 | Bayern Múnich II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 |  |
|||
| 6. Jornada | 13.09.2008 | VfR Aalen | - | Bayern Múnich II | 0:0 | |
|||
| 8. Jornada | 27.09.2008 | SC Paderborn 07 | - | Bayern Múnich II | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 09.11.2008 | Erzgebirge Aue | - | Bayern Múnich II | 1:1 | |
|||
| 16. Jornada | 16.12.2008 | Kickers Emden | - | Bayern Múnich II | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 22.03.2009 | Bayern Múnich II | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 15.04.2009 | Bayern Múnich II | - | Wuppertaler SV | 2:0 | ||||
| 32. Jornada | 19.04.2009 | Jahn Regensburg | - | Bayern Múnich II | 1:2 | ||||
| 34. Jornada | 01.05.2009 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern Múnich II | 1:1 | ||||
| 35. Jornada | 09.05.2009 | Bayern Múnich II | - | Kickers Emden | 4:0 | ||||
| 37. Jornada | 16.05.2009 | Stuttgart II | - | Bayern Múnich II | 2:2 |
Alemania