| 19. Jornada | 29.01.2019 | Darmstadt | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 04.02.2019 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 3:2 |  |
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| 21. Jornada | 08.02.2019 | Colonia | - | FC St. Pauli | 4:1 | |
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| 22. Jornada | 16.02.2019 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 23. Jornada | 23.02.2019 | FC St. Pauli | - | Ingolstadt | 1:0 | |
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| 24. Jornada | 02.03.2019 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 0:1 | |
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| 25. Jornada | 10.03.2019 | FC St. Pauli | - | Hamburgo | 0:4 | ||||
| 26. Jornada | 16.03.2019 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 4:0 | ||||
| 27. Jornada | 29.03.2019 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 06.04.2019 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 2:1 | |
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| 29. Jornada | 14.04.2019 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2019 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 31. Jornada | 27.04.2019 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 4:3 | ||||
| 32. Jornada | 03.05.2019 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 33. Jornada | 12.05.2019 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 0:0 | ||||
| 34. Jornada | 19.05.2019 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 2:1 |
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