| 5. Jornada | 23.08.2008 | FC Thun | - | FC Schaffhausen | 0:3 | ||||
| 7. Jornada | 13.09.2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Schaffhausen | 3:3 | ||||
| 8. Jornada | 29.09.2008 | FC Schaffhausen | - | FC St. Gallen | 0:1 | ||||
| 11. Jornada | 02.11.2008 | FC Lugano | - | FC Schaffhausen | 4:0 | ||||
| 15. Jornada | 08.12.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Concordia Basel | 2:4 | ||||
| 16. Jornada | 22.02.2009 | FC Locarno | - | FC Schaffhausen | 0:0 |  |
|||
| 17. Jornada | 01.03.2009 | FC Schaffhausen | - | Servette FC | 0:0 | ||||
| 18. Jornada | 07.03.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Schaffhausen | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 17.05.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Biel/Bienne | 0:1 |
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