| 18. Jornada | 20.01.2024 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:0 | ||||
| 19. Jornada | 27.01.2024 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:2 |  |
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| 20. Jornada | 03.02.2024 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:2 | ||||
| 21. Jornada | 10.02.2024 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:0 | |
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| 22. Jornada | 18.02.2024 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 23.02.2024 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 3:4 | ||||
| 24. Jornada | 01.03.2024 | Schalke | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 25. Jornada | 10.03.2024 | FC St. Pauli | - | Hertha | 2:0 | ||||
| 26. Jornada | 16.03.2024 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 31.03.2024 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 06.04.2024 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 14.04.2024 | FC St. Pauli | - | SV 07 Elversberg | 3:4 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2024 | Hannover | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 31. Jornada | 26.04.2024 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 1:0 | ||||
| 32. Jornada | 03.05.2024 | Hamburgo | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 12.05.2024 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 3:1 | ||||
| 34. Jornada | 19.05.2024 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC St. Pauli | 1:2 |
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