| 1. MFL | 27.08.23 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 1. MFL | 08.10.23 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 0:2 | ||||
| 1. MFL | 29.09.24 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 4:0 | ||||
| 1. MFL | 27.10.24 | KF Shkëndija 79 | - | FC Struga | 1:1 | ||||
| 1. MFL | 31.03.25 | KF Shkëndija 79 | - | FK AP Brera Strumica | 2:1 | ||||
| Kup | 09.04.25 | KF Shkëndija 79 | - | FC Struga | 1:2 |
Macedonia del Norte