| 11. Jornada | 02.11.2008 | Ingolstadt | - | SC Freiburg | 4:0 |  |
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| 12. Jornada | 09.11.2008 | Mainz | - | Ingolstadt | 0:3 | |
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| 13. Jornada | 16.11.2008 | Ingolstadt | - | 1. FC Nürnberg | 0:3 | ||||
| 15. Jornada | 30.11.2008 | FC St. Pauli | - | Ingolstadt | 1:0 |  |
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| 16. Jornada | 05.12.2008 | Ingolstadt | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 12.12.2008 | TuS Koblenz | - | Ingolstadt | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 01.02.2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | Ingolstadt | 6:1 | ||||
| 19. Jornada | 08.02.2009 | Ingolstadt | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 20. Jornada | 15.02.2009 | 1. FC Kaiserslautern | - | Ingolstadt | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 20.02.2009 | Ingolstadt | - | Alemannia Aachen | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 01.03.2009 | VfL Osnabrück | - | Ingolstadt | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 08.03.2009 | Ingolstadt | - | TSV 1860 München | 2:3 | ||||
| 26. Jornada | 03.04.2009 | Augsburgo | - | Ingolstadt | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 09.04.2009 | Ingolstadt | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 |
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