| 6. Jornada | 28.09.2008 | TSV 1860 München | - | Ingolstadt | 1:1 |  |
|||
| 7. Jornada | 05.10.2008 | Ingolstadt | - | Hansa Rostock | 4:2 | ||||
| 10. Jornada | 28.10.2008 | SV Wehen Wiesbaden | - | Ingolstadt | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 30.11.2008 | FC St. Pauli | - | Ingolstadt | 1:0 |  |
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| 19. Jornada | 08.02.2009 | Ingolstadt | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 24. Jornada | 15.03.2009 | Hansa Rostock | - | Ingolstadt | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 03.04.2009 | Augsburgo | - | Ingolstadt | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 09.04.2009 | Ingolstadt | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 19.04.2009 | SC Freiburg | - | Ingolstadt | 3:2 | ||||
| 29. Jornada | 26.04.2009 | Ingolstadt | - | Mainz | 3:4 | |
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| 30. Jornada | 03.05.2009 | 1. FC Nürnberg | - | Ingolstadt | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 10.05.2009 | Ingolstadt | - | Rot Weiss Ahlen | 0:2 | |
|||
| 32. Jornada | 14.05.2009 | Ingolstadt | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 17.05.2009 | FSV Frankfurt | - | Ingolstadt | 1:1 | ||||
| 34. Jornada | 24.05.2009 | Ingolstadt | - | TuS Koblenz | 4:0 | |
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