| 2. Jornada | 15.02.2009 | Boyacá Chicó | - | Santa Fe | 1:0 |  |
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| 3. Jornada | 19.02.2009 | Envigado FC | - | Boyacá Chicó | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 22.02.2009 | Boyacá Chicó | - | Independiente Medellín | 3:2 | |
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| 6. Jornada | 07.03.2009 | Boyacá Chicó | - | La Equidad | 2:0 | |
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| 9. Jornada | 22.03.2009 | Boyacá Chicó | - | Deportes Quindío | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 04.04.2009 | Deportes Quindío | - | Boyacá Chicó | 2:0 | ||||
| 11. Jornada | 12.04.2009 | Boyacá Chicó | - | Deportes Tolima | 1:1 | |
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| 12. Jornada | 20.04.2009 | Millonarios | - | Boyacá Chicó | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 23.04.2009 | Atlético Nacional | - | Boyacá Chicó | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 25.04.2009 | Boyacá Chicó | - | Cúcuta Deportivo | 4:0 | ||||
| 15. Jornada | 03.05.2009 | Boyacá Chicó | - | Once Caldas | 1:0 | |
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| 16. Jornada | 10.05.2009 | Deportivo Pasto | - | Boyacá Chicó | 0:1 | ||||
| 17. Jornada | 14.05.2009 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Cali | 1:1 |  |
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