| 1. Jornada | 02.07.2016 | Alianza Petrolera | - | Atlético Nacional | 3:3 |  |
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| 2. Jornada | 11.07.2016 | Atlético Nacional | - | Jaguares de Córdoba | 2:1 |  |
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| 4. Jornada | 17.07.2016 | Atlético Nacional | - | Deportes Tolima | 2:2 | ||||
| 5. Jornada | 24.07.2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Nacional | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 22.08.2016 | Atlético Nacional | - | Millonarios | 1:0 | |
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| 10. Jornada | 29.08.2016 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 1:0 | |
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| 11. Jornada | 10.09.2016 | Atlético Bucaramanga | - | Atlético Nacional | 2:2 | |
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| 13. Jornada | 18.09.2016 | Envigado FC | - | Atlético Nacional | 0:0 | ||||
| 14. Jornada | 25.09.2016 | Atlético Nacional | - | Cortuluá | 1:1 | |
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| 15. Jornada | 01.10.2016 | La Equidad | - | Atlético Nacional | 1:3 | ||||
| 3. Jornada | 09.10.2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Nacional | 1:1 | |
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| 17. Jornada | 23.10.2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 2:2 | |
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| 19. Jornada | 07.11.2016 | Santa Fe | - | Atlético Nacional | 0:0 | |
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| 12. Jornada | 10.11.2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 20.11.2016 | Atlético Nacional | - | Deportivo Pasto | 3:1 | |
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