| Tercera ronda | 19.02.2009 | Marsella | - | FC Twente | 0:1 |  |
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| Tercera ronda | 26.02.2009 | FC Twente | - | Marsella | 6:7 pn. | |
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| Octavos de final | 12.03.2009 | Marsella | - | AFC Ajax | 2:1 | ||||
| Octavos de final | 18.03.2009 | AFC Ajax | - | Marsella | 2:2 pró. | ||||
| Cuartos de final | 09.04.2009 | Shakhtar Donetsk | - | Marsella | 2:0 | ||||
| Cuartos de final | 16.04.2009 | Marsella | - | Shakhtar Donetsk | 1:2 |
Costa de Marfil