| 19. Jornada | 23.01.2010 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 29.01.2010 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 21. Jornada | 05.02.2010 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 12.02.2010 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 22.02.2010 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 28.02.2010 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 07.03.2010 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 26. Jornada | 14.03.2010 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 5:3 |  |
|||
| 27. Jornada | 19.03.2010 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 28. Jornada | 28.03.2010 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 2:0 | ||||
| 29. Jornada | 05.04.2010 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 12.04.2010 | FC St. Pauli | - | Augsburgo | 3:0 | ||||
| 31. Jornada | 17.04.2010 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 23.04.2010 | FC St. Pauli | - | TuS Koblenz | 6:1 | ||||
| 33. Jornada | 02.05.2010 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 34. Jornada | 09.05.2010 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 1:2 |
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