| Grupo 6 | 14.02.2013 | Real Garcilaso | - | Santa Fe | 1:1 | ||||
| Grupo 6 | 22.02.2013 | Santa Fe | - | Deportes Tolima | 1:1 | ||||
| Grupo 6 | 07.03.2013 | Cerro Porteño | - | Santa Fe | 1:2 | ||||
| Grupo 6 | 03.04.2013 | Santa Fe | - | Cerro Porteño | 1:0 | ||||
| Grupo 6 | 10.04.2013 | Deportes Tolima | - | Santa Fe | 1:2 | ||||
| Grupo 6 | 17.04.2013 | Santa Fe | - | Real Garcilaso | 2:0 | ||||
| Octavos de final | 02.05.2013 | Grêmio Porto Alegre | - | Santa Fe | 2:1 | ||||
| Octavos de final | 17.05.2013 | Santa Fe | - | Grêmio Porto Alegre | 1:0 | ||||
| Cuartos de final | 23.05.2013 | Real Garcilaso | - | Santa Fe | 1:3 | ||||
| Cuartos de final | 29.05.2013 | Santa Fe | - | Real Garcilaso | 2:0 | ||||
| Semifinales | 03.07.2013 | Club Olimpia | - | Santa Fe | 2:0 |  |
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| Semifinales | 10.07.2013 | Santa Fe | - | Club Olimpia | 1:0 |
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