| 1. Jornada | 22.01.2006 | Atlas Guadalajara | - | Veracruz (old) | 2:0 |  |
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| 6. Jornada | 19.02.2006 | CF América | - | Atlas Guadalajara | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 11.03.2006 | Jaguares Chiapas | - | Atlas Guadalajara | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 16.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 0:0 | |
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| 11. Jornada | 19.03.2006 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | ||||
| 13. Jornada | 02.04.2006 | Dorados de Sinaloa | - | Atlas Guadalajara | 3:1 | ||||
| 14. Jornada | 09.04.2006 | Atlas Guadalajara | - | Santos Laguna | 3:3 | ||||
| 15. Jornada | 17.04.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 0:3 | ||||
| 16. Jornada | 23.04.2006 | Atlas Guadalajara | - | Club Necaxa | 2:3 | ||||
| 17. Jornada | 30.04.2006 | Club San Luis | - | Atlas Guadalajara | 2:1 |
México