| 22. Jornada | 06.02.2000 | Preußen Münster | - | SC 07 Idar-Oberstein | 2:0 |  |
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| 23. Jornada | 12.02.2000 | Rot-Weiss Essen | - | Preußen Münster | 4:1 | ||||
| 24. Jornada | 20.02.2000 | Preußen Münster | - | 1. FC Saarbrücken | 1:0 | |
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| 25. Jornada | 27.02.2000 | SG Wattenscheid 09 | - | Preußen Münster | 0:0 |  |
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| 26. Jornada | 07.03.2000 | Preußen Münster | - | Sportfreunde Siegen | 2:1 | |
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| 27. Jornada | 12.03.2000 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 29. Jornada | 26.03.2000 | LR Ahlen | - | Preußen Münster | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 02.04.2000 | Preußen Münster | - | Eintracht Trier | 0:1 | |
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| 32. Jornada | 14.04.2000 | Preußen Münster | - | SV 07 Elversberg | 2:1 | |
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| 31. Jornada | 19.04.2000 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 3:1 | ||||
| 33. Jornada | 24.04.2000 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 34. Jornada | 30.04.2000 | Preußen Münster | - | VfL Bochum II | 4:1 | ||||
| 36. Jornada | 14.05.2000 | Preußen Münster | - | KFC Uerdingen 05 | 2:2 | ||||
| 37. Jornada | 21.05.2000 | FSV Salmrohr | - | Preußen Münster | 2:1 | ||||
| 38. Jornada | 28.05.2000 | Preußen Münster | - | SC Verl | 4:1 |
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