| 6. Jornada | 22.09.2002 | FC St. Pauli | - | Mainz | 1:4 | ||||
| 7. Jornada | 27.09.2002 | Waldhof Mannheim | - | FC St. Pauli | 2:5 | ||||
| 8. Jornada | 04.10.2002 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 |  |
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| 9. Jornada | 20.10.2002 | SSV Reutlingen | - | FC St. Pauli | 2:0 | |
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| 10. Jornada | 27.10.2002 | FC St. Pauli | - | Eintracht Trier | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 28.02.2003 | Mainz | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
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| 24. Jornada | 07.03.2003 | FC St. Pauli | - | Waldhof Mannheim | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 16.03.2003 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 27. Jornada | 06.04.2003 | Eintracht Trier | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 28. Jornada | 13.04.2003 | SC Freiburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 17.04.2003 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | |
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| 30. Jornada | 28.04.2003 | Colonia | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 31. Jornada | 02.05.2003 | FC St. Pauli | - | Wacker Burghausen | 2:2 |  |
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| 32. Jornada | 11.05.2003 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 33. Jornada | 18.05.2003 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 4:0 | |
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| 34. Jornada | 25.05.2003 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 4:1 |
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