| 1. Jornada | 16.08.2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SC Pfullendorf | 1:2 | ||||
| 2. Jornada | 23.08.2008 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 | ||||
| 3. Jornada | 30.08.2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 5:4 |  |
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| 4. Jornada | 12.09.2008 | TSV 1860 München II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:3 | |
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| 5. Jornada | 20.09.2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hessen Kassel | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 27.09.2008 | SC Freiburg II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:3 | |
 |
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| 7. Jornada | 04.10.2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:1 | |
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| 8. Jornada | 17.10.2008 | Waldhof Mannheim | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 15.04.2009 | SC Pfullendorf | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 02.05.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Viktoria Aschaffenburg | 3:1 | ||||
| 29. Jornada | 10.05.2009 | TSV Großbardorf | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:4 | ||||
| 19. Jornada | 26.05.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SSV Ulm 1846 | 1:1 | ||||
| 33. Jornada | 30.05.2009 | Karlsruher SC II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 |
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