| Segunda etapa | 01.09.2016 | Chapecoense | - | Cuiabá - MT | 3:1 | ||||
| Octavos de final | 22.09.2016 | Independiente | - | Chapecoense | 0:0 | ||||
| Octavos de final | 29.09.2016 | Chapecoense | - | Independiente | 5:4 pn. | ||||
| Cuartos de final | 20.10.2016 | Atlético Junior | - | Chapecoense | 1:0 | ||||
| Cuartos de final | 27.10.2016 | Chapecoense | - | Atlético Junior | 3:0 | ||||
| Semifinales | 03.11.2016 | San Lorenzo | - | Chapecoense | 1:1 | ||||
| Semifinales | 24.11.2016 | Chapecoense | - | San Lorenzo | 0:0 |  |
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