| 1. Jornada | 05.03.2006 | Yokohama F. Marinos | - | Kyoto Purple Sanga | 4:1 | ||||
| 2. Jornada | 11.03.2006 | Kashima Antlers | - | Yokohama F. Marinos | 0:3 | ||||
| 3. Jornada | 18.03.2006 | Yokohama F. Marinos | - | Cerezo Osaka | 3:1 | ||||
| 5. Jornada | 25.03.2006 | Yokohama F. Marinos | - | Urawa Red Diamonds | 1:3 | ||||
| 9. Jornada | 23.04.2006 | Ventforet Kofu | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 27.08.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | Yokohama F. Marinos | 0:4 |  |
 |
||
| 21. Jornada | 30.08.2006 | Yokohama F. Marinos | - | Ventforet Kofu | 3:0 |  |
|||
| 22. Jornada | 09.09.2006 | Yokohama F. Marinos | - | Kawasaki Frontale | 1:2 | ||||
| 23. Jornada | 16.09.2006 | Avispa Fukuoka | - | Yokohama F. Marinos | 1:3 | ||||
| 24. Jornada | 23.09.2006 | Yokohama F. Marinos | - | Nagoya Grampus Eight | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 30.09.2006 | Yokohama F. Marinos | - | Júbilo Iwata | 0:1 | ||||
| 26. Jornada | 07.10.2006 | Albirex Niigata | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 14.10.2006 | Gamba Osaka | - | Yokohama F. Marinos | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 21.10.2006 | Yokohama F. Marinos | - | Kashima Antlers | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 23.11.2006 | FC Tokyo | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 | |
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