| 29. Jornada | 23.03.2013 | Würzburger Kickers | - | TSV 1860 München II | 0:2 |  |
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| 30. Jornada | 28.03.2013 | SC Eltersdorf | - | Würzburger Kickers | 1:3 |  |
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| 25. Jornada | 02.04.2013 | FV Illertissen | - | Würzburger Kickers | 3:2 | ||||
| 31. Jornada | 06.04.2013 | Würzburger Kickers | - | FC Memmingen | 3:1 | ||||
| 15. Jornada | 10.04.2013 | Würzburger Kickers | - | 1. FC Nürnberg II | 1:1 | ||||
| 32. Jornada | 13.04.2013 | Ingolstadt II | - | Würzburger Kickers | 2:2 | ||||
| 28. Jornada | 16.04.2013 | SV Heimstetten | - | Würzburger Kickers | 1:0 | |
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| 33. Jornada | 20.04.2013 | Würzburger Kickers | - | TSV 1860 Rosenheim | 1:1 | ||||
| 34. Jornada | 27.04.2013 | 1. FC Nürnberg II | - | Würzburger Kickers | 6:0 | ||||
| 26. Jornada | 30.04.2013 | Augsburgo II | - | Würzburger Kickers | 0:1 | ||||
| 35. Jornada | 04.05.2013 | Würzburger Kickers | - | TSV Buchbach | 4:0 | ||||
| 36. Jornada | 11.05.2013 | VfL Frohnlach | - | Würzburger Kickers | 2:4 | ||||
| 38. Jornada | 24.05.2013 | Bayern Múnich II | - | Würzburger Kickers | 6:1 |
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