| 3. Jornada | 20.01.2013 | CF América | - | Atlante | 4:0 |  |
|||
| 4. Jornada | 28.01.2013 | Atlante | - | Jaguares Chiapas | 4:3 | ||||
| 5. Jornada | 04.02.2013 | Atlante | - | CF Monterrey | 3:1 | ||||
| 6. Jornada | 10.02.2013 | Atlas Guadalajara | - | Atlante | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 18.02.2013 | Atlante | - | Gallos Blancos (old) | 1:1 | |
|||
| 8. Jornada | 24.02.2013 | Club Tijuana | - | Atlante | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 04.03.2013 | Atlante | - | Deportivo Toluca | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 10.03.2013 | Santos Laguna | - | Atlante | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 18.03.2013 | Atlante | - | Cruz Azul | 0:3 | ||||
| 12. Jornada | 31.03.2013 | Monarcas Morelia | - | Atlante | 4:0 | ||||
| 13. Jornada | 08.04.2013 | Atlante | - | Club San Luis | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 15.04.2013 | Deportivo Guadalajara | - | Atlante | 1:2 | ||||
| 15. Jornada | 22.04.2013 | Atlante | - | Puebla FC | 2:0 | ||||
| 16. Jornada | 28.04.2013 | Club León | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 06.05.2013 | Atlante | - | Pumas UNAM | 1:2 |
México