| 14. Jornada | 26.09.2016 | Baltika Kaliningrad | - | FK Khimki | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 02.10.2016 | FK Khimki | - | Zenit 2 | 2:1 |  |
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| 16. Jornada | 08.10.2016 | Volgar Astrakhan | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 12.10.2016 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 0:0 | ||||
| 17. Jornada | 15.10.2016 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 | |
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| 18. Jornada | 22.10.2016 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 19. Jornada | 30.10.2016 | FK Khimki | - | Spartak Moskva 2 | 1:0 | |
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| 22. Jornada | 13.11.2016 | FK Khimki | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 23. Jornada | 19.11.2016 | Sibir Novosibirsk | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 26.11.2016 | FK Khimki | - | Mordovia Saransk | 4:3 | |
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