| 2. Jornada | 08.08.2016 | Slavia Praga | - | FC Fastav Zlín | 2:2 | ||||
| 5. Jornada | 29.08.2016 | FC Fastav Zlín | - | MFK Karviná | 3:0 | ||||
| 8. Jornada | 24.09.2016 | FC Hradec Králové | - | FC Fastav Zlín | 0:2 | ||||
| 13. Jornada | 05.11.2016 | FC Fastav Zlín | - | Zbrojovka Brno | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 18.11.2016 | Vysočina Jihlava | - | FC Fastav Zlín | 1:3 | ||||
| 16. Jornada | 02.12.2016 | FC Fastav Zlín | - | Slavia Praga | 0:4 | ||||
| 19. Jornada | 05.03.2017 | MFK Karviná | - | FC Fastav Zlín | 1:0 | ||||
| 22. Jornada | 01.04.2017 | FC Fastav Zlín | - | FC Hradec Králové | 1:3 | ||||
| 28. Jornada | 13.05.2017 | FC Fastav Zlín | - | Vysočina Jihlava | 0:3 |  |
|||
| 29. Jornada | 20.05.2017 | FK Dukla Praha | - | FC Fastav Zlín | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 27.05.2017 | 1. FK Příbram | - | FC Fastav Zlín | 0:2 |
República Checa