| 2. Jornada | 29.07.2009 | Stuttgart II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 08.08.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:2 | ||||
| 6. Jornada | 29.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 7. Jornada | 01.09.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 | ||||
| 8. Jornada | 05.09.2009 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:2 |  |
|||
| 9. Jornada | 12.09.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 16. Jornada | 07.11.2009 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | |
|||
| 33. Jornada | 10.04.2010 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Kickers Offenbach | 0:2 | ||||
| 34. Jornada | 14.04.2010 | Ingolstadt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:3 | ||||
| 35. Jornada | 17.04.2010 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SpVgg Unterhaching | 2:4 | ||||
| 28. Jornada | 21.04.2010 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 36. Jornada | 24.04.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:2 | ||||
| 37. Jornada | 30.04.2010 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Dynamo Dresden | 3:0 | ||||
| 38. Jornada | 08.05.2010 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:2 |
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