| Primera etapa | 12.08.2016 | Deportivo Municipal | - | Atlético Nacional | 0:5 |  |
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| Segunda etapa | 25.08.2016 | Bolívar | - | Atlético Nacional | 1:1 |  |
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| Segunda etapa | 14.09.2016 | Atlético Nacional | - | Bolívar | 1:0 | ||||
| Octavos de final | 21.09.2016 | Sol de América | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| Octavos de final | 28.09.2016 | Atlético Nacional | - | Sol de América | 2:0 | ||||
| Cuartos de final | 20.10.2016 | Coritiba - PR | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| Cuartos de final | 27.10.2016 | Atlético Nacional | - | Coritiba - PR | 3:1 | ||||
| Semifinales | 02.11.2016 | Cerro Porteño | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| Semifinales | 25.11.2016 | Atlético Nacional | - | Cerro Porteño | 0:0 |
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