| 22. Jornada | 22.01.2017 | Mérida AD | - | UD Melilla | 0:0 |  |
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| 23. Jornada | 28.01.2017 | Granada B | - | Mérida AD | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 05.02.2017 | Mérida AD | - | San Fernando CD | 3:0 | ||||
| 25. Jornada | 12.02.2017 | FC Cartagena | - | Mérida AD | 1:2 | |
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| 26. Jornada | 19.02.2017 | Mérida AD | - | Marbella FC | 3:0 | |
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| 27. Jornada | 26.02.2017 | Real Jaén | - | Mérida AD | 0:1 | |
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| 29. Jornada | 12.03.2017 | Extremadura UD | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 19.03.2017 | Mérida AD | - | CF Villanovense | 2:2 | ||||
| 31. Jornada | 26.03.2017 | FC Jumilla | - | Mérida AD | 0:1 |  |
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| 32. Jornada | 02.04.2017 | Mérida AD | - | RB Linense | 5:1 | ||||
| 33. Jornada | 08.04.2017 | RC Recreativo | - | Mérida AD | 1:1 | |
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| 34. Jornada | 16.04.2017 | Mérida AD | - | Linares Deportivo | 1:0 | ||||
| 35. Jornada | 23.04.2017 | Córdoba B | - | Mérida AD | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 30.04.2017 | Mérida AD | - | Atlético Mancha Real | 3:0 | ||||
| 37. Jornada | 07.05.2017 | CD El Ejido 2012 | - | Mérida AD | 0:0 | ||||
| 38. Jornada | 14.05.2017 | Mérida AD | - | La Roda CF | 3:0 | |
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