| Primera etapa | 24.01.2006 | Colo-Colo | - | Deportivo Guadalajara | 1:3 |  |
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| Primera etapa | 31.01.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Colo-Colo | 5:3 | ||||
| Grupo 1 | 09.02.2006 | Cienciano | - | Deportivo Guadalajara | 0:1 | ||||
| Grupo 1 | 08.03.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Caracas FC | 1:1 | ||||
| Grupo 1 | 22.03.2006 | Deportivo Guadalajara | - | São Paulo FC | 2:1 | ||||
| Grupo 1 | 06.04.2006 | São Paulo FC | - | Deportivo Guadalajara | 1:2 |  |
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| Grupo 1 | 13.04.2006 | Caracas FC | - | Deportivo Guadalajara | 0:0 | ||||
| Grupo 1 | 21.04.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Cienciano | 0:0 | ||||
| Octavos de final | 27.04.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Santa Fe | 3:0 | |
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| Octavos de final | 03.05.2006 | Santa Fe | - | Deportivo Guadalajara | 3:1 | |
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| Cuartos de final | 10.05.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Vélez Sarsfield | 0:0 | ||||
| Cuartos de final | 21.07.2006 | Vélez Sarsfield | - | Deportivo Guadalajara | 1:2 |  |
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| Semifinales | 03.08.2006 | São Paulo FC | - | Deportivo Guadalajara | 3:0 |
México