| 7. Jornada | 15.10.2006 | Wacker Burghausen | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 8. Jornada | 20.10.2006 | SC Freiburg | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 29.10.2006 | Wacker Burghausen | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 10. Jornada | 03.11.2006 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 11. Jornada | 08.11.2006 | 1. FC Kaiserslautern | - | Wacker Burghausen | 4:0 |  |
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| 12. Jornada | 12.11.2006 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 4:1 | |
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| 13. Jornada | 19.11.2006 | Augsburgo | - | Wacker Burghausen | 1:0 | |
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| 14. Jornada | 26.11.2006 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Braunschweig | 1:1 | |
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| 16. Jornada | 08.12.2006 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiss Essen | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 25.02.2007 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:4 | |
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| 26. Jornada | 18.03.2007 | MSV Duisburg | - | Wacker Burghausen | 3:4 |
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