| 1. Jornada | 26.07.2008 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 | ||||
| 3. Jornada | 16.08.2008 | Wacker Burghausen | - | Fortuna Düsseldorf | 0:4 | ||||
| 4. Jornada | 22.08.2008 | 1. FC Union Berlin | - | Wacker Burghausen | 4:0 | ||||
| 5. Jornada | 30.08.2008 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 5:1 |  |
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| 6. Jornada | 13.09.2008 | Wuppertaler SV | - | Wacker Burghausen | 2:4 | |
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| 7. Jornada | 20.09.2008 | Wacker Burghausen | - | SV Sandhausen | 2:3 | ||||
| 8. Jornada | 27.09.2008 | Dynamo Dresden | - | Wacker Burghausen | 3:1 | |
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| 9. Jornada | 04.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 18.10.2008 | Eintracht Braunschweig | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 11. Jornada | 25.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Erzgebirge Aue | 0:4 | ||||
| 12. Jornada | 28.10.2008 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 2:2 | |
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| 13. Jornada | 31.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:4 | ||||
| 14. Jornada | 07.11.2008 | VfR Aalen | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 03.12.2008 | Werder Bremen II | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 31. Jornada | 11.04.2009 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 |
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