| Grupo B | 16.09.2008 | Panathinaikos | - | Inter | 0:2 | ||||
| Grupo B | 01.10.2008 | Anorthosis Famagusta | - | Panathinaikos | 3:1 |  |
 |
||
| Grupo B | 22.10.2008 | Panathinaikos | - | Werder Bremen | 2:2 | ||||
| Grupo B | 04.11.2008 | Werder Bremen | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| Grupo B | 26.11.2008 | Inter | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| Grupo B | 09.12.2008 | Panathinaikos | - | Anorthosis Famagusta | 1:0 | ||||
| Octavos de final | 25.02.2009 | Villarreal | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| Octavos de final | 10.03.2009 | Panathinaikos | - | Villarreal | 1:2 |
Grecia