| 1. Jornada | 07.08.2016 | SV Merseburg 99 | - | SV SCHOTT Jena | 1:1 |  |
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| 2. Jornada | 13.08.2016 | SV SCHOTT Jena | - | VFC Plauen | 2:0 |  |
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| 4. Jornada | 10.09.2016 | SV SCHOTT Jena | - | Brandenburger SC Süd | 0:0 | |
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| 5. Jornada | 17.09.2016 | SV SCHOTT Jena | - | SSV Markranstädt | 2:1 | |
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| 6. Jornada | 24.09.2016 | Bischofswerdaer FV | - | SV SCHOTT Jena | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 01.10.2016 | SV SCHOTT Jena | - | VfL Halle 96 | 3:1 | |
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| 8. Jornada | 15.10.2016 | Inter Leipzig | - | SV SCHOTT Jena | 1:3 | |
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| 9. Jornada | 22.10.2016 | SV SCHOTT Jena | - | FSV Barleben | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 30.10.2016 | BSG Wismut Gera | - | SV SCHOTT Jena | 1:0 | |
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| 12. Jornada | 19.11.2016 | FC Carl Zeiss Jena II | - | SV SCHOTT Jena | 3:0 | |
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| 13. Jornada | 26.11.2016 | SV SCHOTT Jena | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 03.12.2016 | Askania Bernburg | - | SV SCHOTT Jena | 1:1 |
Alemania