| 1. Jornada | 02.08.2003 | Preußen Münster | - | Schalke II | 1:3 | ||||
| 2. Jornada | 09.08.2003 | Schalke II | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | ||||
| 3. Jornada | 16.08.2003 | Sachsen Leipzig | - | Schalke II | 0:2 | ||||
| 4. Jornada | 24.08.2003 | Schalke II | - | Colonia | 5:2 | ||||
| 5. Jornada | 29.08.2003 | Werder Bremen II | - | Schalke II | 3:1 | ||||
| 10. Jornada | 15.10.2003 | Schalke II | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 18.10.2003 | Schalke II | - | Wuppertaler SV | 0:2 | ||||
| 14. Jornada | 02.11.2003 | Schalke II | - | Holstein Kiel | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 09.11.2003 | Rot-Weiss Essen | - | Schalke II | 4:0 | ||||
| 16. Jornada | 16.11.2003 | Schalke II | - | Chemnitzer FC | 2:0 | ||||
| 23. Jornada | 20.03.2004 | VfR Neumünster | - | Schalke II | 2:3 | ||||
| 24. Jornada | 27.03.2004 | Schalke II | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 03.04.2004 | Eintracht Braunschweig | - | Schalke II | 2:2 | ||||
| 28. Jornada | 23.04.2004 | Schalke II | - | Dynamo Dresden | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 01.05.2004 | Wuppertaler SV | - | Schalke II | 1:1 | ||||
| 31. Jornada | 15.05.2004 | Holstein Kiel | - | Schalke II | 4:2 | ||||
| 33. Jornada | 30.05.2004 | Chemnitzer FC | - | Schalke II | 0:6 | ||||
| 34. Jornada | 05.06.2004 | Schalke II | - | SC Paderborn 07 | 2:4 |
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