1. Jornada 06.08.2006 FC Carl Zeiss Jena II - VfB Pößneck 1:0
2. Jornada 12.08.2006 VfB Auerbach - FC Carl Zeiss Jena II 0:0 Tarjeta amarilla
3. Jornada 20.08.2006 FC Carl Zeiss Jena II - VFC Plauen 1:1
4. Jornada 26.08.2006 Chemnitzer FC - FC Carl Zeiss Jena II 2:1
5. Jornada 09.09.2006 FSV Zwickau - FC Carl Zeiss Jena II 1:0
6. Jornada 24.09.2006 Sachsen Leipzig - FC Carl Zeiss Jena II 2:1
7. Jornada 30.09.2006 FC Carl Zeiss Jena II - FSV Budissa Bautzen 0:3
8. Jornada 14.10.2006 Hallescher FC - FC Carl Zeiss Jena II 2:0
9. Jornada 21.10.2006 FC Carl Zeiss Jena II - SV Dessau 05 1:0
10. Jornada 28.10.2006 FV Dresden-Nord - FC Carl Zeiss Jena II 0:2 Gol
11. Jornada 04.11.2006 FC Carl Zeiss Jena II - Germania Halberstadt 3:0 Gol
12. Jornada 11.11.2006 FC Eilenburg - FC Carl Zeiss Jena II 1:0
13. Jornada 18.11.2006 Rot-Weiß Erfurt II - FC Carl Zeiss Jena II 1:3 Gol
14. Jornada 25.11.2006 FC Carl Zeiss Jena II - Energie Cottbus II 0:0
15. Jornada 03.12.2006 ZFC Meuselwitz - FC Carl Zeiss Jena II 2:0
16. Jornada 10.12.2006 VfB Pößneck - FC Carl Zeiss Jena II 0:0
17. Jornada 24.02.2007 FC Carl Zeiss Jena II - VfB Auerbach 0:1
18. Jornada 04.03.2007 VFC Plauen - FC Carl Zeiss Jena II 0:1
20. Jornada 17.03.2007 FC Carl Zeiss Jena II - FSV Zwickau 2:1 Tarjeta amarilla
21. Jornada 24.03.2007 FC Carl Zeiss Jena II - Sachsen Leipzig 0:0
22. Jornada 01.04.2007 FSV Budissa Bautzen - FC Carl Zeiss Jena II 3:0
19. Jornada 07.04.2007 FC Carl Zeiss Jena II - Chemnitzer FC 0:0
23. Jornada 18.04.2007 FC Carl Zeiss Jena II - Hallescher FC 0:1
24. Jornada 22.04.2007 SV Dessau 05 - FC Carl Zeiss Jena II 0:1
25. Jornada 28.04.2007 FC Carl Zeiss Jena II - FV Dresden-Nord 1:1 Tarjeta amarilla
26. Jornada 06.05.2007 Germania Halberstadt - FC Carl Zeiss Jena II 2:1
27. Jornada 12.05.2007 FC Carl Zeiss Jena II - FC Eilenburg 0:3
28. Jornada 16.05.2007 FC Carl Zeiss Jena II - Rot-Weiß Erfurt II 2:2
29. Jornada 20.05.2007 Energie Cottbus II - FC Carl Zeiss Jena II 3:2
30. Jornada 27.05.2007 FC Carl Zeiss Jena II - ZFC Meuselwitz 2:2