| 3. Jornada | 14.08.2016 | FK Dukla Praha | - | FC Hradec Králové | 3:0 |  |
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| 4. Jornada | 20.08.2016 | MFK Karviná | - | FK Dukla Praha | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 28.08.2016 | FK Dukla Praha | - | Sparta Praga | 0:2 | ||||
| 6. Jornada | 11.09.2016 | FK Jablonec | - | FK Dukla Praha | 1:1 | ||||
| 7. Jornada | 17.09.2016 | FK Dukla Praha | - | Bohemians Praha 1905 | 4:1 | ||||
| 8. Jornada | 24.09.2016 | FK Dukla Praha | - | Zbrojovka Brno | 4:2 | ||||
| 9. Jornada | 01.10.2016 | FK Mladá Boleslav | - | FK Dukla Praha | 1:0 | ||||
| 10. Jornada | 15.10.2016 | FK Dukla Praha | - | Slovan Liberec | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 21.10.2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Dukla Praha | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 05.11.2016 | 1. FK Příbram | - | FK Dukla Praha | 3:1 | ||||
| 30. Jornada | 27.05.2017 | FK Teplice | - | FK Dukla Praha | 0:1 | |
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