| 3. Jornada | 05.04.2009 | FK Tom Tomsk | - | Zenit | 0:3 |  |
|||
| 4. Jornada | 12.04.2009 | Zenit | - | FK Amkar Perm | 0:0 | ||||
| 5. Jornada | 19.04.2009 | Lokomotiv Moskva | - | Zenit | 1:1 |  |
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| 6. Jornada | 25.04.2009 | Zenit | - | FK Khimki | 4:2 | |
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| 7. Jornada | 03.05.2009 | FK Rostov | - | Zenit | 2:1 | ||||
| 8. Jornada | 10.05.2009 | Zenit | - | Krylia Sovetov | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 17.05.2009 | CSKA Moscú | - | Zenit | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 12.07.2009 | Zenit | - | FK Moskva | 1:0 | |
|||
| 14. Jornada | 19.07.2009 | Terek Grozny | - | Zenit | 3:2 | |
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| 15. Jornada | 25.07.2009 | Zenit | - | Rubin Kazan | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 02.08.2009 | FK Saturn | - | Zenit | 2:2 | |
|||
| 19. Jornada | 23.08.2009 | Zenit | - | Lokomotiv Moskva | 1:1 | |
|||
| 20. Jornada | 30.08.2009 | FK Khimki | - | Zenit | 0:4 | ||||
| 21. Jornada | 13.09.2009 | Zenit | - | FK Rostov | 2:0 | ||||
| 22. Jornada | 20.09.2009 | Krylia Sovetov | - | Zenit | 0:1 | ||||
| 23. Jornada | 26.09.2009 | Zenit | - | CSKA Moscú | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 04.10.2009 | Zenit | - | Dinamo Moskva | 2:1 |
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