| 15. Jornada | 05.11.2016 | FC St. Pauli II | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 03.12.2016 | FC St. Pauli II | - | TSV Havelse | 0:2 | ||||
| 20. Jornada | 05.02.2017 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli II | 1:1 |  |
|||
| 24. Jornada | 05.03.2017 | Lüneburger SK Hansa | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 01.04.2017 | SV Eichede | - | FC St. Pauli II | 3:0 | ||||
| 27. Jornada | 04.04.2017 | FC St. Pauli II | - | Hamburgo II | 1:3 | ||||
| 21. Jornada | 13.04.2017 | FC St. Pauli II | - | SV Drochtersen/Assel | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 16.04.2017 | VfB Oldenburg | - | FC St. Pauli II | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 22.04.2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | FC St. Pauli II | 1:2 | ||||
| 31. Jornada | 30.04.2017 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Braunschweig II | 1:2 | ||||
| 32. Jornada | 05.05.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 13.05.2017 | FC St. Pauli II | - | Schwarz-Weiß Rehden | 2:2 | ||||
| 34. Jornada | 20.05.2017 | VfV Hildesheim | - | FC St. Pauli II | 1:1 |
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