| 10. Jornada | 19.10.2008 | Viktoria Žižkov | - | 1. FC Brno | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 26.10.2008 | 1. FC Brno | - | Dynamo České Budějovice | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 02.11.2008 | Slavia Praga | - | 1. FC Brno | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 09.11.2008 | 1. FC Brno | - | Viktoria Plzeň | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 17.11.2008 | FK Teplice | - | 1. FC Brno | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 23.11.2008 | 1. FC Brno | - | Tescoma Zlín | 3:0 | ||||
| 16. Jornada | 29.11.2008 | Slovan Liberec | - | 1. FC Brno | 0:0 | ||||
| 17. Jornada | 22.02.2009 | 1. FC Brno | - | Baník Ostrava | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 02.03.2009 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Brno | 2:4 | ||||
| 19. Jornada | 08.03.2009 | 1. FC Brno | - | Bohemians Praha | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 22.03.2009 | 1. FC Brno | - | Sigma Olomouc | 1:2 | ||||
| 26. Jornada | 03.05.2009 | 1. FC Brno | - | Slavia Praga | 1:0 |
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