| 11. Jornada | 18.01.2017 | AO Chania | - | Aiginiakos FC | 3:2 | ||||
| 13. Jornada | 29.01.2017 | Panegialios FC | - | Aiginiakos FC | 1:1 |  |
|||
| 15. Jornada | 12.02.2017 | Aiginiakos FC | - | Panserraikos | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 19.02.2017 | Acharnaikos FC | - | Aiginiakos FC | 3:1 | ||||
| 17. Jornada | 22.02.2017 | Aiginiakos FC | - | OFI Heraklion | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 26.02.2017 | Lamia | - | Aiginiakos FC | 2:1 | ||||
| 19. Jornada | 05.03.2017 | Aiginiakos FC | - | Aris Saloniki | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 19.03.2017 | Aiginiakos FC | - | Sparta FC | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 26.03.2017 | Apollon Smyrnis | - | Aiginiakos FC | 4:1 | ||||
| 25. Jornada | 09.04.2017 | AEL Kalloni | - | Aiginiakos FC | 1:3 | ||||
| 26. Jornada | 13.04.2017 | Aiginiakos FC | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 0:0 | ||||
| 32. Jornada | 28.05.2017 | Panserraikos | - | Aiginiakos FC | 4:5 |
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