| 2. Jornada | 17.02.2013 | Cienciano | - | Real Garcilaso | 0:1 | ||||
| 3. Jornada | 23.02.2013 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 5:0 | ||||
| 4. Jornada | 02.03.2013 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 17.03.2013 | Cienciano | - | José Gálvez | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 30.03.2013 | César Vallejo | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 9. Jornada | 14.04.2013 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 3:0 | ||||
| 11. Jornada | 25.04.2013 | Cienciano | - | Juan Aurich | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 03.05.2013 | Cienciano | - | León de Huánuco | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 11.05.2013 | Cienciano | - | Pacífico FC | 1:0 |  |
|||
| 16. Jornada | 19.05.2013 | Cienciano | - | FBC Melgar | 0:0 | |
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| 20. Jornada | 18.06.2013 | Cienciano | - | Unión Comercio | 0:2 | |
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