| 16. Jornada | 22.02.2009 | FC Locarno | - | FC Schaffhausen | 0:0 | ||||
| 17. Jornada | 01.03.2009 | FC Schaffhausen | - | Servette FC | 0:0 |  |
|||
| 18. Jornada | 07.03.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Schaffhausen | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 15.03.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Thun | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 22.03.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 06.04.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Lausanne-Sport | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 13.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 19.04.2009 | FC Schaffhausen | - | Yverdon Sport FC | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 22.04.2009 | FC Gossau | - | FC Schaffhausen | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Lugano | 2:2 | ||||
| 26. Jornada | 02.05.2009 | FC Winterthur | - | FC Schaffhausen | 1:3 |
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