| 18. Jornada | 24.01.2003 | FC St. Pauli | - | Eintracht Frankfurt | 1:1 |  |
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| 19. Jornada | 02.02.2003 | LR Ahlen | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 20. Jornada | 09.02.2003 | FC St. Pauli | - | VfB Lübeck | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 14.02.2003 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 23.02.2003 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 28.02.2003 | Mainz | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 07.03.2003 | FC St. Pauli | - | Waldhof Mannheim | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 16.03.2003 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 21.03.2003 | FC St. Pauli | - | SSV Reutlingen | 1:2 | |
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| 27. Jornada | 06.04.2003 | Eintracht Trier | - | FC St. Pauli | 1:2 | |
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| 28. Jornada | 13.04.2003 | SC Freiburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 17.04.2003 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | |
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| 30. Jornada | 28.04.2003 | Colonia | - | FC St. Pauli | 2:1 | |
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| 31. Jornada | 02.05.2003 | FC St. Pauli | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 32. Jornada | 11.05.2003 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
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| 33. Jornada | 18.05.2003 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 4:0 | |
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| 34. Jornada | 25.05.2003 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 4:1 | |
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