| 21. Jornada | 12.01.2013 | Almería | - | Villarreal | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 19.01.2013 | Real Madrid Castilla | - | Villarreal | 5:0 | ||||
| 23. Jornada | 25.01.2013 | Villarreal | - | CE Sabadell | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 02.02.2013 | CD Guadalajara | - | Villarreal | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 09.02.2013 | Villarreal | - | Ponferradina | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 17.02.2013 | Hércules CF | - | Villarreal | 1:1 |  |
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| 27. Jornada | 24.02.2013 | Villarreal | - | Las Palmas | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 03.03.2013 | Córdoba | - | Villarreal | 0:2 | |
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| 29. Jornada | 10.03.2013 | Villarreal | - | Sporting | 2:1 | |
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| 30. Jornada | 16.03.2013 | Huesca | - | Villarreal | 0:1 | ||||
| 31. Jornada | 24.03.2013 | Villarreal | - | RC Recreativo | 1:1 |
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